"L’ensemble des intervenants a souligné le manque de concertation, l’absence d’un large débat et la nécessité de tenir compte des avis des élus, des parents, des enseignants et de l’ensemble des citoyens. Les questions, les inquiétudes et les oppositions que soulève ce projet de décret amènent les organisations à renouveler leur demande de ne pas publier ce texte". Dix sept organisations (les syndicats, les parents de la Fcpe et la Peep), les étudiants et lycéens (Unef, Unl), les associations éducatives (Jpa, Ligue de l'enseignement etc.) écrivent au premier ministre,à G. de Robien et à N. Sarkozy, pour obtenir le gel du décret sur les établissements publics de l'enseignement primaire.

Le 5 février le projet de décret a été refusé au CSE par 41 voix  contre une. Pour ces organisations, le projet d'établissements publics de l'enseignement primaire (EPEP) "implique un bouleversement de l’organisation de l’Ecole et de ses rapports avec les collectivités territoriales et l’Education Nationale… Toute modification profonde ne peut intervenir qu’après avoir pris le temps d'un large débat et en tenant compte des avis des élus, des parents, des enseignants et plus généralement de l’ensemble des citoyens : l’Ecole est le bien de tous". La phrase fait allusion au fait que le décret attribue la moitié des voix au Conseil d'administration de l'Epep aux collectivités locales. Elles estiment qu'il remet en cause l’indépendance des équipes pédagogiques.

Le 19 février, l'Association des maires de France a, à son tour, rejoint le camp des opposants. Pour l'AMF, "les maires restent très réservés quant au principe d’attribuer aux écoles primaires le statut d’établissement public autonome en raison notamment du fort attachement qu’ils ont au lien communes-écoles et des coûts supplémentaires que ce mode de gestion risque d’engendrer".